C’est le génie éducateur de Mgr DUPANLOUP qui présida à la naissance de la Congrégation des Gardiennes Adoratrices de l’Eucharistie et au Pensionnat Saint-Aignan.
En 1852, Monsieur DUBESSAY, préfet du Loiret, demande instamment à Monseigneur DUPANLOUP d’envoyer des Sœurs de charité dans les petites localités pour soigner les malades insuffisamment suivis par les médecins cantonaux.
Monseigneur DUPANLOUP voit là un moyen de promouvoir une œuvre encore plus chère à son cœur : l’Enseignement de la Jeunesse dans les campagnes. La demande du préfet lui apparaît providentielle. Il est donc conclu que la Sœur au service des malades fera partie d’une communauté comprenant plusieurs Sœurs s’occupant des enfants. Voilà la petite graine lancée… au milieu des vicissitudes… celles de la vie ! Elle deviendra «l’arbre» que nous connaissons.
Le 21 Novembre 1853, dans une modeste maison, au 129 Faubourg St Marceau, Monseigneur DUPANLOUP groupe les nouvelles recrues autour de 2 religieuses de la Providence de Saintes. Il décide qu’elles porteront le nom de Sœurs de St-Aignan en l’honneur du libérateur et patron du Diocèse.
L’insalubrité du Faubourg St Marceau les oblige à quitter cette maison. En mai 1855, c’est au Faubourg Saint-Marc au lieu-dit «Le Clos Levesque » que s’installent les premières Sœurs. Dès 1855, elles sont reconnues comme Congrégation Religieuse Enseignante par un décret de Napoléon III.
En 1857, Monseigneur DUPANLOUP forme le projet d’un Pensionnat à la Maison Mère. C’est la naissance de l’actuel « Saint-Aignan ». L’Institut prend sa physionomie spirituelle à l’arrivée de mademoiselle Marie-Louise PARIS en 1861, celle qui deviendra Mère Thérèse de la Croix. Elle transforme l’arbrisseau de Saint-Aignan.
Il est intéressant de voir comment Monseigneur DUPANLOUP suit de très près le développement de l’œuvre. Il vérifie lui-même les règlements des classes et le programme des études des élèves. Il franchissait à pied la distance qui sépare la Chapelle Saint Mesmin du Clos Levesque pour visiter les deux maisons d’éducation si chères au cœur de L’évêque d’Orléans : le petit Séminaire de la Chapelle Saint-Mesmin et le Pensionnat des Religieuses de Saint Aignan.
Sous l’impulsion de Mère Thérèse de la Croix, l’œuvre d’éducation se développe ; une quarantaine de Maisons s’établissent dans le Diocèse… Mais la guerre de 1870 atteint Orléans, le pensionnat devient hôpital temporaire.
A l’ombre de l’Institution, une « Petite Ecole » est ouverte aux enfants du quartier Saint-Marc qui est encore rural à l’époque.
En 1905, malgré les lois de Séparation de l’Église et de l’État, suivies deux années plus tard de l’expulsion des congrégations de religieuses enseignantes, cette petite École demeurera le germe vivant de Saint-Aignan, grâce au dévouement et à la compétence d’une ancienne élève : Mlle Marie GLOMERAU et de son équipe.
1914, le Pensionnat est de nouveau transformé en hôpital.
Si bien qu’à la rentrée de 1920, Saint Aignan rouvre ses portes pour recevoir pensionnaires et demi-pensionnaires. « Pour être en règle ! », les élèves franchissent chaque matin la porterie du 20, rue Saint-Marc, pour se rendre en classe au 20ter de la même rue.
Dès 1923, sur le désir des familles, quelques élèves commencent leurs classes secondaires. C’est un nouvel essor, il faut construire de nouvelles classes, de nouveaux dortoirs.
Mais, en 1939, la guerre s’annonce avec ses désastres. La Maison Mère et le Pensionnat reçoivent des blessés de toutes nationalités
Si les cours peuvent reprendre…les pensionnaires vivent leur exode, en ville ou à Sainte-Marie (Maison des Sœurs âgées). En 1944, les locaux sont rendus à leur usage pédagogique.
En 1966, la Direction de l’Enseignement Libre opère une réorganisation entre les établissements de la ville. Le Second Cycle part donc à Saint-Charles.
Saint-Aignan s’ouvre à une population d’enfants et de jeunes d’une plus grande diversité. Le quartier prend de l’ampleur.
Tandis que les effectifs des élèves grossissent, ceux des religieuses s’amenuisent. Les Gardiennes Adoratrices cherchent une Congrégation sur laquelle elles puissent s’appuyer. En 1968, une fusion s’effectue avec les Sœurs de la Congrégation de l’Assomption, de vingt ans leur ainée. La congrégation ouvrira largement ses portes, ses bras, son cœur à Mère Thérèse de la Croix et à ses Filles. L’école Saint-Marc et le collège Saint-Aignan sont alors sous tutelle de l’ASSOMPTION jusqu’en 1984. Le collège Saint-Aignan passe alors sous tutelle diocésaine jusqu’en 1998, puis rejoint de nouveau la tutelle de l’ASSOMPTION.
A partir de 1975, l’établissement passe progressivement à la mixité : l’école de filles fusionne avec l’école des garçons ainsi que le collège.
En 1995, l’internat ferme. En 2004, c’est la fusion de l’OGEC du collège avec l’AGEA de l’école.
En 2014, la démolition d’anciens bâtiments permet la construction de la nouvelle école maternelle. Celle-ci accueille les élèves depuis le 4 janvier 2016.